شخصیت‌های فیلم‌های وودی آلن عموماً در مورد خدا می‌اندیشند و نبود خدا را متناظر با پوچی و بی‌معنایی جهان می‌پندارند و هنگامی‌که برای خدا نشانه‌ای نمی‌بینند، عمدتاً افسردگی و فکر خودکشی به سراغ آن‌ها می‌آید. مثلاً در فیلم عشق و مرگ، بوریس (با بازیِ وودی آلن) فلسفه‌ی شک‌گرایانه‌ی خود را برای سونیا (با بازیِ دایان کیتون) این‌گونه شرح می‌دهد:
بوریس: سونیا، چی‌ میشه اگه خدایی وجود نداشته باشه؟
سونیا: بوریس دیمیترویچ، شوخی می‌کنی؟
بوریس: چی می‌شه اگه ما یه مشت دلقک بی‌‌خاصیت باشیم که الکی و بی‌هدف دور خودمون می‌چرخیم؟
سونیا: اما اگه خدایی در کار نباشه، زندگی معنایی نداره. در اون‌‌صورت برای چی زنده‌ایم، چرا خودمون رو نمی‌کشیم؟
سونیا مصمم است چنین نتیجه بگیرد که اگر خدایی وجود نداشته باشد، آن‌وقت زندگی بی‌معنا می‌شود؛ پس باید خودکشی کرد؛ بوریس هم ادعا می‌کند اگر خدایی وجود نداشته باشد، بشریت پوچ و بی‌معناست تا جایی‌که توجیه می‌‌کند چون خدا وجود دارد، پس نباید خود‌کشی کرد.
همین‌طور در هانا و خواهرانش، میکی (با بازی وودی آلن) به دنبال جست‌‌وجو درباره‌ی معنای زندگی، وقتی به پاسخی قانع‌‌کننده درباره‌ی ضرورت وجودِ خدا نمی‌رسد، به خودکشی می‌اندیشد. او آشکارا باور دارد که زندگی تنها وقتی ارزش زیستن دارد که خدا وجود داشته باشد. میکی در تلاش برای یافتن برهان اثبات خدا، می‌‌خواهد کاتولیک شود.
در فیلم خاطرات استارداست، ریشه‌ی افسردگی سندی، عدم توانایی وی در پرت کردن حواس خود از مسائل مهمی چون پوچیِ مرگ و فجایعی است که در واقعیت رخ می‌دهد. او از ناپایداری زندگی خود و فراتر از آن، تمامیِ جهان بیمناک است. این واقعیت که جهان مادی در حال زوال‌ است و چیزی باقی نمی‌ماند، تهدیدی ا‌ست که موجب می‌‌شود او زندگی را از هرگونه معنا و مفهوم تهی یابد.
این استدلالی است که از سوی شخصیت‌های مختلف فیلم‌های وودی‌ آلن بیان می‌شود؛ این‌که از آن‌جایی که ما فناپذیریم و روزی خواهیم مُرد، پس تمام کارهایی که انجام می‌دهیم و کلِ زندگیِ ما بی‌معناست. این شناخت از میرایی است که شخصیت‌های آلن را به سمت پرسش درباره‌ی اصل وجود خدا سوق می‌دهد و آلن به تناظر و بستگیِ معنای زندگی با وجود یا عدمِ وجود خدا می‌‌پردازد. در بطن فیلم‌های وودی آلن نوعی دوگانگی وجودی نهفته است که بر مبنای آن تمایلِ آلن به آتئیسم با نیاز احساسی او به وجودِ معنا، ارزش‌های اخلاقیِ ابژکتیو و عدالت – که از نظر او همه وابسته به وجود خدا هستند- با هم در تعارض قرار می‌گیرند.
عدم وجود خدا، پیش‌بینیِ بی‌معنایی زندگی و جهان است و همان‌طور که دیدگاه فیلم‌های آلن این است که هیچ پدیده‌ای ماندگار نیست و ماهیت زندگی بی‌معناست، پس پاسخ به پرسش درباره‌ی وجود خدا پیشاپیش منفی بوده ‌است. آلن در برخی از فیلم‌هایش این نکته را بیان می‌کند که باور به وجود خدا ساده‌‌لوحی و خودفریبی‌ست و در بعضی از فیلم‌هایش با خود می‌اندیشد که چون همه‌ی زندگی رنج‌ کشیدن نیست، شاید ارزشش را داشته باشد که از فرصت عمر استفاده کرد؛ حتی اگر خدایی وجود نداشته باشد. به‌‌علاوه، پیشنهاد وودی آلن در «هانا و خواهرانش» این است که پرسش درباره‌ی وجودِ خدا به‌‌راستی یک پرسش بی‌پاسخ و خارج از فهم و ادراک بشر است و درست نیست وقت خود را با این نگرانی تلف کنیم.
به این ترتیب می‌بینیم که راهکارِ شخص آلن به عنوان مؤلف (که خود عموماً نقش روشنفکری آسیب‌پذیر و حراف را برعهده دارد) اولاً بدبینی به موضوع وجود خدا و دوماً نادیده انگاشتن اوست. گویی که وجود یا عدم وجود خدا نباید مسئله‌ی مهمی قلمداد شود و بهتر است انسان به مسائلِ دیگر بیندیشد.
اما این اندیشه‌ی وجود یا عدم وجود خدا، عمدتاً در فیلم‌های آلن توسط افرادی با سابقه‌ی آموزش‌های دین یهود مطرح می‌شود. به طور کلی شاید مناقشه برانگیزترین تفکر در فیلم‌های وودی آلن نوع نگاه او به یهودیت است. شوخی‌های کنایه‌آمیز وودی آلن با جامعه‌ی یهودی و مخصوصاً خاخام‌ها، ریشه در رشد او در خانواده‌ای یهودی و آیین‌ها و مناسکِ دشوار آنها دارد. آلن که با نام آلن استوارت کونیگزبرگ در سال ۱۹۳۵ به دنیا آمد، در محله‌ای یهودی در بروکلین بزرگ شد. در بخشی از کودکی‌اش خانواده‌ی او به زبانِ «یدیش» صحبت می‌کردند؛ زبانی که به گفته‌ی آلن، می‌تواند زبانِ سِریِ مناسبی باشد که بسیار کنایه‌آمیز و مبهم است و به همین دلیل نقشی اساسی در طنزِ یهودی دارد. پدر و مادرِ آلن اصلیتی یهودی-اروپایی داشتند و اگرچه در منهتن به دنیا آمده بودند، اما زندگی‌شان همیشه زیر سایه‌ی فرهنگ اشتِتلی (شهرهای کوچک یهودی‌نشین در اروپای مرکزی و شرقی پیش از هولوکاست) بود که والدینشان از آن گریخته بودند اما ارزش‌هایش را همچنان حفظ می‌کردند. آلن پیش از سن تکلیف (13 سالگی) هم به کنیسه می‌رفت و هم به مدرسه‌ی عبری. او بعدها در مصاحبه‌هایش اعتراف می‌کند که یهودیت هیچ‌وقت برایش قانع‌کننده نبود: «کنیسه تحت تأثیرم قرار نمی‌داد، به مدرسه‌ی عبری علاقه‌ای نداشتم، به یهودی بودن علاقه‌ای نداشتم. برایم کاملاً بی‌معنی بود. از آن خجالت نمی‌کشیدم اما به آن افتخار هم نمی‌کردم. برایم مهم نبود و به آن اهمیتی نمی‌دادم». آلن نه تنها تأثیر یهودیت را بر کودکی‌اش کم‌اهمیت جلوه می‌دهد، بلکه تأثیر آن بر آثارش را نیز ناچیز قلمداد می‌کند: «به یهودیت فکر نمی‌کنم؛ بخشی از خودآگاهیِ هنری من نیست. به گمانم بین یهودی‌ها و غیریهودی‌ها تفاوت‌های فرهنگی‌ وجود دارد، اما به نظر من این تفاوت‌ها بیشتر سطحی‌اند.»
اما با نگاه به آثار وودی آلن، می‌بینیم که او مجموعه‌ای از درونمایه‌های دینی را به شکلی نظام‌مند در فیلم‌هایش می‌گنجاند؛ چه آنکه در موردش می‌گویند «آلنِ بدون یهودیتش به‌اندازه‌ی چاپلین بدون عصایش و گروچو مارکس بدون سیگارش غیر قابل تصور است». از ویژگی‌های بارز طنزِ آلن شوخی‌هایِ هجوآمیز او با مادرهای یهودی، خاخام‌های حسیدی (فرقه‌ای از مذهب یهودی) و شخصیت‌های عهد عتیق است. تمایل آلن به جدا کردنِ خود از سنت یهودی – سنتی که مشخصاً به آثارش راه یافته – نشان‌دهنده‌ی بیزاری شدیدِ او از دین است؛ اما فراوانیِ محتوا و درونمایه‌های دینی و یهودی در آثارش نشان می‌دهند که او رابطه‌ی پیچیده‌تری با دین‌ دارد. به بیان دیگر، شاید آلن آتئیست باشد، اما سرسختانه در تلاش است تا با آنچه نتیجه‌ی سیستم اعتقادی‌اش می‌داند کنار بیاید؛ جهانی پوچ که نسبت به اعمال فرد کاملاً بی‌تفاوت است. این موجب می‌شود او با وسواسِ خاصِ خود دین و امکان وجود خدا را بررسی کند و زیر سؤال ببرد. در این راه یهودیت، دینی که او بیش از دین‌های دیگر با آن آشنایی دارد، بدل به مؤثرترین ابزارش برای بررسی چنین مسائلی و نیز نیرومندترین سلاحش برای حمله به آن‌ها می‌شود. آلن با سؤال‌هایی که در فیلم‌هایش می‌پرسد رابطه‌ی بین مفهوم خیر و شر را بازنمایی یا به عبارت صحیح‌تر رابطه‌ی بین خدا و حقیقت را واکاوی می‌کند؛ مسئولیت فرد برای پرسشگری در باب جهان پیرامونش و تمام آن چیزهایی که در درون آن وجود دارند، از سیستم‌های اخلاقی گرفته تا عشق، یا آن چیزهایی که سبب‌ساز یک زندگی ایده‌آل می‌شوند.
درمیان فیلم‌های آلن، دو فیلم «هانا و خواهرانش» و جنایت و جنحه نمونه‌ی بارز این توجه به دین و مسائل وجودی هستند. هر چقدر در فیلمِ «هانا و خواهرانش»، این مسائل با شوخ‌طبعی و بدبینی بررسی می‌شوند (که البته در نهایت به خوش‌بینی ختم می‌شود و میکی با پذیرش پوچیِ مسخره‌ی زندگی رستگار می‌شود)، در فیلم «جنایت و جنحه» اما رویکرد آلن جدی و فلسفی است و درونمایه‌های وجودی را حل‌نشده باقی می‌گذارد. آلن در این فیلم دنیایی تیره و تار خلق می‌کند که به کسانی که حاضر نیستند چشمان خود را بر واقعیت ببندند، هیچ امیدی به رستگاری نمی‌دهد. در این راستا، تصویر واپسین این فیلم رقص خاخامِ نابینایی را نشان می‌دهد که در عروسیِ دخترش می‌رقصد، گویی او تنها کاراکتر شاد فیلم است. در اینجا، آلن با اشاره‌ای کنایه‌‌آمیز به نابیناییِ این خاخام (با بازیِ سام واترستون) می‌گوید:
«او تنها کسی بود که از پسش براومد؛ درحالی‌‌که او ابداً نمی‌تونه واقعیتِ زندگی رو بفهمه. کسی می‌تونه دلیل بیاره که از بقیه بیشتر می‌فهمه؛ اما من همچین فکری نمی‌کنم. به عقیده‌ی من اون کمتر از بقیه می‌فهمه. به‌‌گمونم ایمانش هم ایمان کوریه. شاید جواب بده، اما این از شما می‌خواد که چشماتونو به‌‌روی واقعیت ببندید.»
«جنایت وجنحه» فیلمی است برگرفته از رمان جنایت و مکافاتِ داستایوفسکی که داستانِ قتل و مسئله‌ی اخلاقیِ شخصیت قاتل پس از قتل را مطرح می‌کند. در رمان داستایوفسکی، راسکولینکوف با عذاب وجدان خود مواجه می‌شود و فارغ از این‌که به دست قانون گرفتار می‌شود یا خیر، نوعی بحران اخلاقی را تجربه می-کند که شخصی و درونی است؛ اما در فیلمِ آلن، تنها مسئله‌ی مهم برای قاتل (که یهودی است) این است که از دست قانون فرار کند و عذاب وجدانی در کار نیست. آلن تغییر نگرش اخلاقی جامعه یهودیت را به مثابه از دست رفتن اخلاق قلمداد می‌کند. البته در این فیلم گونه‌های مختلفی از افکار یهودی از طریق کاراکترهای اصلی فیلم ارائه می‌شوند؛ برای مثال دکتر جودا روزنتال (با بازی مارتین لاندا) در فیلم دیدگاه سنتی را نمایندگی می‌کند و همسر او نماینده‌ی دیدگاه مارکسیستی و ملحدِ یهودی است.
در صحنه‌ای از فیلم «جنایت و جنحه» جودا، فیلم‌سازی به نام کلیف استرن (با بازی وودی آلن) را در مجلس عروسی ملاقات می‌کند و به او می‌گوید داستانی دارد که می‌تواند طرح فیلمی بزرگ باشد. این داستان درباره‌ی مرد موفقی است که معشوقه‌اش او را تهدید به افشای روابطشان و تباه ساختن ازدواج و حرفه‌اش می‌کند. مرد به این نتیجه می‌رسد که هیچ چاره‌ای جز کشتن او ندارد. پس از انجام این کار، شدیداً احساس گناه می‌کند و تصور می‌کند در محضر خدا مرتکب معصیت شده است، به طوری که چیزی نمانده است نزد پلیس به گناه خود اعتراف کند. اما یک روز صبح از خواب برمی‌خیزد و بحران از سر او می‌گذرد؛ او دیگر گرفتار احساس گناه نیست و چند ماه که می‌گذرد می‌فهمد نه تنها تاوانی پس نداده بلکه در واقع کارش هم گرفته و حالا زندگی‌اش به شرایط عادی برگشته است. این یک جنایت تمام عیار است. دکتر در پاسخ تردیدهای استرن به داستان می‌گوید «خب، من گفتم این یک داستان ترسناک است، نگفتم؟» در حقیقت ما در موضع مخاطب می‌دانیم که آن داستان چیزی بیش از صرفاً یک داستان خوب برای یک فیلم است، می‌دانیم آنچه او نقل می‌کند واقعاً رخ داده است و می‌دانیم مرد درون داستان خودِ دکتر است که معشوقه‌اش را کشته است. پرسشی که اینجا مطرح می‌شود فقط این نیست که آیا دکتر عمل اخلاقی درستی در آن شرایط انجام داده است یا نه. بلکه پرسش مهمتری که مطرح می‌شود این است که چرا ما باید بیش از هر چیزی اخلاقی باشیم؟ چرا وقتی می‌توانیم عمل نادرستی را انجام دهیم و از عواقب آن در امان باشیم، باید عمل درست را انجام دهیم؟ برای جواب این پرسش دوباره باید به فیلم «عشق و مرگ» بازگردیم؛ آنجا که سونیا (دایان کیتون) خطاب به پسرعمویش بوریس (آلن) می‌گوید: «فرض کنیم خدایی نیست و هر انسانی آزاد بود آنچه را انتخاب می‌کند، کاملاً انجام دهد؛ خب، چه چیزی تو را از کشتن یک انسان بازمی‌داشت؟» در پس چنین ادعایی مفهومی عمیقاً خدامحور از جهان و اخلاق نهفته است؛ مفهومی دینی که در آن خدا قانون‌گذاری است که برای هدایت ما در جهت درست زیستن، قواعد و وظایفی مشخص را وضع کرده است. آلن در «جنایت و جنحه» نشان می‌دهد که چگونه جرم بزرگ به جرمی ناچیز و جنایت به جنحه تبدیل می‌شود و اینکه در نهایت هیچ مکافاتی برای جنایت او نیست. گویی در جهانی که خدا نیست، عدالتی هم در کار نیست.
البته این فروپاشی اخلاقی در فیلم جنایت و جنحه به جامعه نیویورکی نیز گسترش می‌یابد. جامعه‌ای که نه تنها برای انسان‌های ارزشمند، ارزشی قائل نیست بلکه جذب شخصیت‌های مبتذل و سطحی می‌شود که در این فیلم تهیه‌کننده‌ی هالیوودی با نام لستر (با بازی آلن آلدا) بازنمایی چنین شخصیتی است. لستر پولدار و معروف است. نمونه‌ی کامل یک سلبریتی که مقبولیت عام دارد؛ اما وقتی کلیف (آلن) به شکل مستند داستان زندگی او را می‌سازد مخاطب رفته رفته با شخصیت سطحی و بی‌اخلاق وی آشنا می‌شود. هر دو به نوعی عاشق هالی (با بازی میا فارو) هستند. دختری متفاوت از فرهنگِ روزمره‌ی مردم، اهل اندیشه و اخلاق مدار که به هنر به شکل ثروت و قدرت نگاه نمی‌کند. تلخ‌تر آن‌جاست که نهایتاً هالی دست رد به سینه کلیف زده و با لستر ازدواج می‌کند و به نوعی او نیز تحت تأثیر سلطه‌ی مدیا و روزمرگی اجتماعی قرار می‌گیرد. آلن در پیرنگ دیگری در این فیلم آزار و اذیت زنانِ تنهای طبقه متوسطِ جامعه‌ی نیویورک را با المانِ قضای حاجت غریبه‌ها بر روی آنان نشان می‌دهد و جامعه نیویورک را جامعه‌ای معرفی می‌کند که ارزش‌های اخلاقی در آن از بین رفته است.
آلن در آنی هال هم ستایش شهروندان آمریکایی معاصر نسبت به مسائل سطحی و پیش‌پاافتاده‌ی جامعه را نقد می‌کند و نشان می‌دهد چگونه زندگی در نیویورکِ معاصر فاقد عقل اخلاقی و معنایی است. اوج این دیدگاه که کنایه مستقیمی به شیوه تربیتِ یهودی دارد، در فیلم زلیگ دیده می‌شود. زلیگ با نام کوچک لئونارد، شخصیت بی‌ثباتی است که در کنار هر کس قرار می‌گیرد، شبیه او می‌شود. در کنار سیاه‌پوستان، سیاه‌پوست می‌شود. در کنار چینی‌ها زردپوست می‌شود و در کنار یهودیان، خاخام. آلن، عامل چنین اتفاقی را دیالوگِ پدر زلیگ می‌داند که می‌گوید: «برای این‌که در زندگی موفق باشی باید همسو با جامعه باشی»؛ یعنی همرنگ جماعت شدن. زلیگ نمونه‌ی یک یهودی فروپاشیده است که تنها هدفش این است که مورد قبول و علاقه‌ی جامعه قرار گیرد. آلن این‌گونه از طریق شخصیت‌های اصلی‌اش، کلیشه‌های یهودی را بررسی و بزرگنمایی می‌کند. شخصیتِ بی‌دست و پای آلن، معمولاً ظاهرِ یک مرد یهودیِ بیش‌ازحد حراف، مرگ‌اندیش، خودخواه و منهتن پرست را به خود می‌گیرد که میل جنسیِ مفرط و طیف وسیعی از فوبیاها و روان‌پریشی‌ها را همزمان دارد. نمونه‌ی چنین شخصیتی بوریس گروشنکو در «عشق و مرگ»، آلوی سینگر در «آنی هال»، میکی زاکس در «هانا و خواهرانش»، لری لیپتون «در معمای قتل منهتن»، هری بلوک در «هریِ ساختارشکن» و لنی واینریب در «آفرودیتِ توانا» هستند که تمام این نقش‌ها را خودِ آلن بازی کرده است.

بیشتر بخوانید: مورد عجیب وودی آلن